2045年，經濟災難「全球同時違約」爆發，令所有紙質和電子貨幣失效後，「四大國聯盟」陷入永不結束的「可持續戰爭」，保持經濟運行。在這個世界中，草薙素子、巴特和其他公安九課的成員把自己賣給了僱傭兵組織，以「GHOST」的名義展開行動，利用他們的控制增強組件和戰鬥經驗謀生，同時消除全球的戰爭熱點。然而，後人類出現和前部長荒卷大輔發現的一個陰謀，令公安九課被迫再度集結。