寄宿着昔日舰艇之魂的少女们，是谓“舰娘”。对于深海而来被称作敌对舰艇集群“深海栖舰”的异形敌人，舰娘是唯一能同他们对抗的存在。她们投身于战斗，保卫着人们和大海。然而，面对深海栖舰压倒性的数量优势，舰娘们非死即伤，战局不断倒向深海一方。此时，驱逐舰“时雨”被编入了一支新的舰队。这支舰队被称为“第一游击部队 第三部队”（1YB3H）。但此舰队几乎能用“东拼西凑”来形容：舰队成员仅有被配置于后方的旧式战舰“山城”、“扶桑”，唯一的航空巡洋舰“最上”，以及四艘驱逐舰。作为集中剩余部队的战力，凭一战来逆转局势起死回生的战略的一部分，为掩护主力部队，时雨与1YB3H的大家执行近乎诱饵的任务，向着命运的海峡出击。在日趋激烈的战斗之中，等待她们的将会是——