连续的破坏活动出现在东京湾附近。城南署的刑事久住及秦负责此案的调查工作。调查中，秦认识了担任大学讲师的冴子，并渐渐地对她产生了好感。之后，秦与久住在东京湾上的储备基地遭遇了将人类一个个吞噬的异型怪物，原以为这个怪物就是连续袭击事件的真正凶手，没想到怪物遗留于现场的肉块，却让整个事件产生了翻天覆地的大转变，事件的内幕波及到了警视厅、防卫厅及特车二课，甚至还发现了秦所不知道的冴子的另一面。光明下是令人惊愕的真相，黑暗中自卫队已经开始行动。正当秦不知所措之时，怪物再度出现于东京湾。为了结束这场悲痛的战役，机动警

特车二课的主要角色均以可爱的纸板人偶形象登场，讲解了大量“机动警察世界”的背景资料及各类情报。押井守的搞笑天份&丰富知识大轰炸！由超强力制作群担纲演出的最强「机动警察」搞笑版剧中人物都是以竹筷人偶型态出现的3D动画！

2002年冬天，横浜大桥突然被战斗机炸毁，媒体虽然报导此为自卫队战机所为，但实际上这架战机却并不存在。民众广泛对自卫队产生了不信任感。特车二课第二小队的后藤（大林隆介 配音）队长察觉此事与在99年的那场事件中失踪的自卫队队员柘植有关——1999年，日本陆上自卫队的机器人 小队在一次联合国维和行动中遭到全歼。而柘植是特车二课第一小队队长南云（榊原良子 配音）原来的恋人。民众的不信任感达到了顶峰，处于戒严状态的东京面临着大骚乱，人们被即将爆发战争的危机笼罩着。在自卫队王牌队员荒川的帮助下，后藤（大林隆介 配音

本作品设定和时间轴均延续于TV系列。因第47话停止播放，成为超出TV系列的最终章，即格里芬篇的完结部分，以及由一话完结的原创故事组成。在其中，第12话「两人的轻井泽」采用了先录制对话，后制作画面的配声手法制作而成。此外，自纪念LD BOX以来，剧集的顺序与发售顺序不同。

1999年的东京，一部军用的机械人在无人的情况自动启动、一个名为帆场瑛一的篠原重工天才程序员自杀；谁也没想到，两起无关事件却会在将来把东京带入恐怖中。从建筑施工现场到人们的日常生活，处处都可以见到一种被称为“Labor”的大型机器人。面对Labor相关犯罪与日俱增的局面，警察局成立了特殊车辆二课，配备专门机器人PatLabor，负责处理特殊事务。Labor到了更新换代的时期，作为机器人大脑的电脑操作系统升级为HOS。正在这时，突然发生多起机器人失控事件，机动警察小队负责调查此事。他们发现这是由与HOS有关

二十一世纪初，人口不断增长，职位和房屋的需求成为了人们首要的问题。　　原本的土地已经不足以满足社会的发展，于是日本政府将东京湾对出的海域进行一次大规模的填海造地工程，填平面积总共四十五万平方公尺，把木更津第一人工岛和川崎第二人工岛连接结合，长十五公里的大型防波堤就可以动工。这就不仅代表绕首都圈一周的大环状路完全通车，同时十多个水门亦可利用潮差去排水，最重要就是确保了未来十年东京有四万五千公顷的用地。　　由于是以“永恒之都巴比伦”作为蓝本建设的国际大都会东京，于是这“巴比伦计划（Babylon Pr

日本东京因为温室效应造成的海平面上升而有沉没之虞，所以开始进行所谓巴比伦计划：建造大型海堤封闭东京湾，将湾内的海水抽除之后，再进行填海造陆。巴比伦计划大量引进人类驾驶的大型机器人“Labor”，至此与Labor有关的治安问题也层出不穷。这一系列作品的主要角色就是专门负责这类案件的机动警察特车二课。特车二课配备先进的警用Labor“Patlabor”（patrol labor之意），与整备班和特车一课一起驻扎在东京一处偏远的海埔新生地，第一部动画作品于1992下半年分两次播出。