故事背景发生在不久的将来，那时超能力者的存在成为理所当然的事情，然而他们与普通人的隔阂却未完全消失，年轻的天才科学家皆本光一，肩负起照顾拥有最强超能力的三名少女，明石熏、三宫紫穗、野上葵，她们不分日夜，在内务省特务机关的超能力支援研究局（通称BABEL）旗下从事着危险任务。皆本光一的任务就是引导她们走向正途，成为对社会有用的人才。但面对这三个超级早熟又任性的女孩，皆本每天都烦恼不已。