100 年前、 因為板塊位移的因素， 使得日本多數的國土沉入海中。為了確保領土的控制，沿岸都市接踵而立，最後成為了由航線相互連接的海洋都市。隨著海上交通的流量遽增，維護航線安全也變得刻不容緩。在這種條件下，維護海洋安全、由女性所擔當的「藍色人魚」，成為了多數女學生們所憧憬的目標。為了能成為藍色人魚，兒時玩伴岬明乃與知名萌香和眾多女孩一樣進入了橫須賀市的海洋高中就讀，學習著相關的知識和技能。在兩人第一次的海上演習中，故事就此展開。