「谜之彼女X」是属于校园恋爱喜剧作品，故事的男主角椿明本是一名普通的都立风见台高校2年生，但自从一位充满了“谜”的转校生卜部美琴到来的时候，椿明的校园生活也变得不再普通了。卜部美琴是一名并不会进行社交活动的孩子，她的兴趣是在上下课间的小休睡觉。但有一天，椿明却在她睡觉中叫醒了她，并不小心地舔了她的口水，而美琴也因此而喜欢上了椿明！之后，椿明便开始了各种约会，每当椿明与美琴在一起，他便会越发现美琴的各种谜团，例如她的另一兴趣就是随身带著剪刀，剪下任何东西