在前作《创圣大天使》中，故事设定在创圣纪0011年，地球上的人类由于11年前的大异变而失去了三分之二的人口。南极冰层溶化使得被认为1万2千年前已灭亡的“堕天翅族”亚特兰蒂亚复苏，他们将生物机械兵器“神话兽”接连送入人类都市捕获人类的生体能源“Purana”，决心反击的人类从海底遗迹发掘岀三台组合战斗机“Vector Machine”──1万2千年前将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器。