在近未来的时代。全世界忽然出现了通往异世界的门扉“黑点（Black Point）”。通称【Z/X】的异形怪物从中出现。Z/X IGNITION由此，Z/X与人类间展开了炽烈的战斗。数年后，战局平缓下来，地球迎来了短暂的和平。在这之中，主人公·天王寺飞鸟，原本正在日本神户过着平凡的高中生活，然而一朝，从在街角遇见的不可思议的少女手中接过了「卡片装置（Card Device）」后，他的命运开始发生巨变。