セラフィム指挥官ライアー等人用空间跳跃的方式将宇宙站ウォッチャーズ ネスト的居住区整个转送到了地球圈，却发现地球被一层时间屏障覆盖。为了查明真相，ライアー决定冲进时间屏障，却进入了另一个时间轴……

故事发生在笑脸男事件结束后，公安9课面对了新的敌人，自称“个人的11人”的反政府武装组织开始了计划周密的犯罪，其背后牵扯的战争难民问题更令整个社会的矛盾激化。面对政府与犯罪分子带来的压力，草薙素子再次带领公安9课出动。