持續發生大規模殺人和獵奇殺人的社會中，其中調查組織「藏（也譯作倉）」用著從罪犯的殺意（思想粒子）構築的無意識世界（殺意世界）的系統與鳴瓢秋人在「井」中的身份名偵探酒井戶，協助通過揭開井的奧秘來幫助追查追捕殺人魔的罪犯行蹤，其中幾個殺人魔的井中出現了同樣面貌的以約翰·沃克為命名的人影。

作品的背景为末日废土世界，以被红色的雾所覆盖的世界为舞台，讲述与被称作“虫”的异形怪物战斗的少女们的故事。标题的“烟草”（ケムリクサ）是少女们战斗时使用的形似香烟的武器

舞台是在某个国家的某个地区莫斯特城市。　　在陈旧大楼的二楼有一家发行《月刊妄想科学》的小出版社。　　《月刊妄想科学》是一本异想天开，报道“真是吓人一跳！”的事件、即使是科学家也会发出“要不行啦！”声音