故事背景在剧场版《苍穹之法芙娜HEAVENANDEARTH》的2年后，由于与来主操的邂逅，龙宫岛获得了与Mir对话的手段，这也给岛带来了可能性。阿尔维斯的孩子们一边进行战斗的准备，一边摸索着理解敌人的

人類與傑特拉帝人在第一次星間戰爭之後握手言和。2038年從地球派出第37次超長距離宇宙移民船團－新Macross級超大型船團7號（NMCV-007）前往太空深處尋找適合人類生活的星球，直到2045年遇見神祕的原始惡魔軍團……

這一年是西元 2041 年。 突然，一個身份不明的敵人“Zerabaia”出現了，正在逼近地球。　　克萊因·桑德曼（Klein Sandman）是一位神秘的百萬富翁，他預見到了塞拉巴亞對地球的入侵，並