著名的关原之战结束一年后，出云的巫女伊佐那海（佐藤利奈 配音）遭刺客追杀。逃亡至信州境内时，她得到伊贺忍者雾隐才藏（小野大辅 配音）的救助。见识过才藏强大的实力后，那海拜托他保护自己前去寻找上田城真田忍军的领袖真田幸村（森川智之 配音）。雾隐才藏与甲贺忍者的高手猿飞佐助（柿原彻也 配音）不打不相识，最终一同效力于一方霸主幸村。忌惮于真田的实力，离夺取天下只有咫尺之遥的德川家康渐次逼近。而海野六郎（神谷浩史 配音）、弁丸(望月六郎 配音）、安娜塔西雅（浅川悠 配音）等勇士相继云集到上田城。　　天下大势乱

​在海明星上住着的高中一年生加藤茉莉香。某天，她发现原本以为已经亡故的父亲，实际上到最近为止都一直活着，而且还是宇宙海盗船“弁天丸的船长”。弁天丸要进行海盗活动所必须的是继承了“私掠船准许”的直系亲族茉莉香。于是以她成为船长为条件，将亡父的遗物弁天丸一起交给了她，穿着迷你裙的女子高中生兼宇宙海盗船船长的生活就这样拉开了序幕。