平凡的宅男高中生·矢野宗平，某日他的面前突然出现了一位开着坦克并自称为了守护鲁特中尉和哈鲁卡少尉的少女。极大程度欠缺一般常识的军人少女与被卷入这个事件的普通人宗平，描绘日常与军事要素的日常生活。

　　故事发生在虚构的未来世界，彼时，人类因为疏忽和大意而失去了制海权，海洋，成为了人们可望而不可即的所在，盘踞在那里的，是一股名为“深海栖舰”的强大势力。为了同这股势力抗争，一群名为“舰娘”的女孩子们

故事背景在剧场版《苍穹之法芙娜HEAVENANDEARTH》的2年后，由于与来主操的邂逅，龙宫岛获得了与Mir对话的手段，这也给岛带来了可能性。阿尔维斯的孩子们一边进行战斗的准备，一边摸索着理解敌人的

　　沃斯帝国公主艾瑟依拉姆·薇瑟·艾莉欧斯亚（アセイラム・ヴァース・アリューシア）以亲善大使的身份访问地球，在其身后目送其离开的则是于地球出生而在火星上长大的少年斯雷因·特洛耶特（スレイン・トロイヤー