日比野卡夫卡被分發到由防衛隊最強男人．鳴海弦所率領的第1部隊，他被迫去面對「怪獸8號」那過於強大的力量。然而此時，「怪獸9號」的威脅也悄然逼近。傳承下來的意志與力量，新的識別兵器適合者誕生，以及防衛隊將遭遇史上最大危機――。

这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯罪追查的军人，此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知，棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后，她受到荒卷委托

在一個人的身體中，約有 60 兆個細胞，每種細胞都有各自的任務。冒失又慌張新人紅血球小姐，在她差點被肺炎鏈球菌襲擊時遇到了冷酷的白血球先生。白血球不僅在她差點被肺炎鏈球菌襲擊時，救了她一命，還順道幫她帶路到肺部。當遇到擦傷時，就需要可愛的血小板妹妹幫忙讓傷口癒合。本作將細胞及病菌擬人化，以深入淺出的方式介紹人體細胞的功能！！

自稱最強的高中生「陳．毛利」在收到了一個為了決定最強高中生的大會「高校之神」的邀請後，他的人生徹底改變了。只要能夠獲得冠軍，就能實現任何的願望……心中懷抱著各種不同願望的強敵們一一現身，而在這場戰鬥的盡頭等待著他們的究竟又是什麼呢？在一群不簡單的高中生之間，一場不可理喻的戰鬥正式開幕！！