西曆5012年。人類遭到了外星人派出的機械生物侵略，面臨滅絕危機。人類被逼移至月球，並建造人造人部隊以奪回地球。然而，地球上的機械生物不斷繁殖，戰爭陷入僵局。於是，人類部署了新型的人造人部隊「寄葉」作為最終武器。被派往地球的2B與9S匯合，一起執行任務。過程中，他們遇到了許多的令人費解的現象…

因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像。主人

《女神异闻录 4》是《女神转生》外传《女神异闻录》系列最新作，由前作《女神异闻录 3》原班人马制作，承袭高中校园生活 + 神秘灵异事件主题，并采用全新故事。游戏以前作 2 年后的日本乡村小镇“稻羽