自幼憧憬成為勇者的アリシア，成為了王選出的13位勇者之一。勇者們攜帶傳說之劍，踏上討伐魔獸王クレバテス的征途。然而，這份莽勇卻招致了足以滅絕整個「エドセア大陸」人族的最惡危機。而這個世界唯一僅存的希望，竟是一名被託付給魔獸王的嬰兒──。

由於陸地被不明生物「魔甲蟲」佔領，人類只能住在空中的浮遊都市裡。唯一能跟「魔甲蟲」對抗，只有名為「空戰魔導士」的魔法師。彼方·英司原本是浮遊都市「密斯特崗」的優秀空戰魔導士，卻因為不明原因轉為後方支援科的人員，還被視為叛徒。某天，英司被任命為最差三人小隊「E601小隊」的教官，四個人與魔甲蟲的戰鬥就此開始！