两位生活在正在进行迁都计划的巴鲁海特帝国的青年——努力从事运输工作有点胆小的伊努玛尔，帝国的新手士兵不懂人情世故的雷欧卡迪欧。一人想着重要的妹妹，一人想着作为士兵的前途，就这样在帝都生活着的日常。

正和63年10月。由於大幅廢除而幾乎失去了鐵路的國家——日本裡的九洲，隈元縣御一夜市。為了重整蕭條至極的經濟，以8620型蒸汽火車以及其人偶・八六為主角所開發的觀光振興計畫順利成功，並一躍成為鐵路復興聖地的御一夜市，為了尋求更進一步的復興機會，也為了和全國的鐵路經營者、鐵路人偶們有更多交流，決定計畫舉辦『第一次My鐵路祭』。控制鐵路車輛駕駛的人型系統「鐵路人偶」們也被各自的所有者從全國各地帶到此地。受到人們連日不斷的會議所刺激，產生了「自己也想做點什麼」的想法並意氣相投的她們，以著名的鐵路人偶「鈴

库特与直枝理树成为恋人，顺利结束修学旅行的另一个“Little jijikb.com Busters！”的世界。男生宿舍在翻修工程中发生漏水事故，导致宿舍无法继续使用。对于走投无路的理树，库特以“室友

　　在偏僻的小村庄——雏见泽村过着愉快生活的少年前原圭一，得知了在这和平村庄中发生的分尸杀人案件。而此事件，又与被称为「御社神的作祟」的一连串离奇死亡案件有所关联。

　　成神阳太（花江夏树 配音）是一位非常平凡的男子高中生，正在享受他高中生涯里的最后一个暑假。一天，正在篮球场打球的阳太邂逅了一位名叫佐藤雏（佐仓绫音 配音）神秘少女，少女告诉了阳太一个惊人的消息——