故事的舞台设定是一个科学与魔法共存的世界Tristan都市，人类备受“魔族”的威胁。所以有些人开始乱用魔法，可是通常情况下仍是仅靠警察与军队用冷兵器与怪物对战。于是Tristan开始向公开机关“魔法管理局”雇用退魔专家来保障都市与人民的安全。但是好景不长，“魔法士”被魔族化的事件屡屡发生。在绝望之中，魔法监督官介绍来了一个看上去懒懒散散的男人，而且还与一个半魔族少女同居中！这个男人到底能不能解决整个事件呢？！

　　故事从一艘黑夜中的赌船开始……男主角，伊藤开司，浑浑噩噩，一事无成，因为好心替人做了担保而背负上了数百万债务。为偿还欠款，开司接受怂恿上了一艘名为“希望之船”的渡轮，为的是参加一次神秘赌局，一旦获

1995年9月，16岁的两仪式与黑桐干也相遇了。　　男孩子气的两仪式穿着和服来到学校，特殊的她与任何人都没有交集，除了黑桐干也。二人产生了某种关联，并开始了安稳的校园生活。　　同时，街上出现了连续猎奇

1998年9月，围绕巫条大厦发生了连续少女坠楼事件。媒体将其报道为无法解释的自杀事件，而有一个人，看出了事件背后的某种关联。　　她是魔术师苍崎橙子，伽蓝堂事务所的所长。解决都市不可思议事件的伽蓝堂只有

　　《灼眼的夏娜》TV第二季的故事将从小说第八卷开始讲起，以NDS游戏《灼眼的夏娜DS》中的登场人物，红世之徒，戏睡乡“メア”入侵御崎市开始开篇。据监督渡部高志所说，故事会对第一季的一些伏笔作出解释，