在日本冬木市發生第五次聖杯戰爭的數年後，美國西部的雪原市（史諾菲爾德）再一次觀察到聖杯的預兆。魔術協會調查的結果發現，這是某人模仿原版聖杯戰爭的技術所為。由於不完全的模仿，系統存在缺陷，少了本該有的職階，卻召喚出不該被選上的從者。另外根據美國某個國家機構的推測，從都市外也湧入了大量的魔術師，「虛偽的聖杯戰爭」即將開幕。

統合曆2099年--新宿市。在達到究極發展的未來都市中，傳說的魔王ベルトール再次降臨。巨大都市國家輝煌繁榮和...以及隱藏在背後的淒慘黑暗。為了支配新世界，魔王將活躍於未來！

自從與逃離魔法世界的茵蒂克絲相遇後，上条當麻便接二連三地被捲入各式各樣的事件中。在上条不斷試圖解決統治學園都市的「科學」側與「魔法」側之間的衝突時，一群因為與上条接觸而使得命運大大改變的「英雄」們，也將再次挺身與世界對峙。當科學與魔法三度交鋒之時，故事將發生巨大的改變！

轉眼間，暑假即將結束，被判定為「無能力者」的上条當麻和自稱為「禁書目錄」的修女茵蒂克絲之間的故事還在繼續。隨著羅馬正教的登場，魔法世界的紛爭延燒到了學園都市，而潛伏在學園都市背後的黑暗也蠢蠢欲動。當科學與魔法交織之時，他們的故事即將展開！

故事讲述的是从东京都西部被分割出来的这座都市中，“超能力开发”被列为学校课程的一部分。在二百三十万人口中，有八成都是学生，所以被称为学园都市。他们每天都在超能力开发上进行相互竞争。根据能力不同，可以分为6级，从无能力（Lv0）到超能力（Lv5）。故事的主人公上条当麻是学园里的一个无能力者，但并非完全没有能力，而是他的能力是能够将一切异能效果无效化。他只有右手能够使用这种能力，还给自己的这种连上帝的奇迹都能抹杀的能力取名为“幻想杀手”。而正因为他的右手似乎把神的祝福都给抹杀掉的缘故，导致自己一直过着不幸的生

　　吉斯塔特王国由七名天赋异禀的战姬守护，她们持有拥有着强大力量的“龙具”，在战场上奋勇拼杀，令敌人们闻风丧胆。堤格尔（石川界人配音）是布鲁奈王国的贵族少年，在布鲁奈王王国和吉斯塔特王国的交战之中，堤

熱門社交遊戲「魔法少女育成計畫」，為數萬人之中僅一人能成為魔法少女的奇蹟般遊戲。幸運地獲得魔法，過著充實生活的眾少女。然而，就在某一天，她們收到法唯傳來「因人數過多，為了確保魔力供給足夠，要裁掉一半的魔法少女」的片面通知，需在16人中削減8人，於是由16位魔法少女所帶來的殘酷激烈、慘無人道的殊死競存比賽，由此拉開序幕。然後在經過一場大規模的戰鬥後，魔法少女存活人數達到7人，但法唯突然宣佈「因為途中有給出魔法道具的關係，魔力供給依舊不足，將存活人數下修到4人。」於是殘存的魔法少女在生存威迫下再度展開