轉眼間，暑假即將結束，被判定為「無能力者」的上条當麻和自稱為「禁書目錄」的修女茵蒂克絲之間的故事還在繼續。隨著羅馬正教的登場，魔法世界的紛爭延燒到了學園都市，而潛伏在學園都市背後的黑暗也蠢蠢欲動。當科學與魔法交織之時，他們的故事即將展開！