公元2030年，经历了4次世界大战的世界面临更严峻的挑战。随着人类义体化等科技的不断发展，犯罪行为也日渐离奇复杂。为了解决这类案件，日本内务省的直属部队——公安9课，这个对外不存在的特种部队，在队长草薙素子的带领下向恶势力 发起制裁。而面对公安9课的，是高度发达的科技下创造的案件、权力政治斗争的阴谋、与以笑脸男为代表的Stand Alone Complex犯罪。

少年红英司因收到失踪已久的姊姊红绫香的一封信，潜入神秘富豪葛莱因‧桑德曼居住的[圣日耳曼城]去寻找姊姊， 却不巧碰上对地球觊觎已久的外星异种前来袭击，在桑德曼有计划的引导下，红英司便煳涂的与众人一起乘坐机器人-超重神打败了外星异种ゼラバイア。　　事后，红英司以协助找到失踪姊姊的条件答应加入桑德曼为了对付外星异种而成立的[地球战骑队]；在一次次的危机中真相逐渐浮现，矇面的雷门以及桑德曼和莉露的真实身分呼之欲出，而外星异种ゼラバイア袭击地球的原因也慢慢被揭露。

故事发生在第一次地球联合战争爆发8年以后。随着越来越多的资深驾驶员在残酷的战斗中丧身，政府下令十几岁的少年也必须参军。在这样的时代背景下，年轻的联合军驾驶员工藤シン驾驶着爱机F-14出战。在一次战斗中

　　妹妹公主RePure 是一些小情节故事的合集，每一话由两个部分组成，第一部分是一个独立的小故事，第二部分是以12个姐妹中的一个的为主题的短故事。