公元2059年，航行中的Macross Frontier迎來了偶像歌手雪露・諾姆舉辦的銀河巡迴演唱會的最後一場，少女蘭花李去看偶像的演唱會……在宇宙中，Macross Frontier突然遭到了身份不明的宇宙怪獸的攻擊，蘭花的兄長奧茲馬受命率領S.M.S的VF-25緊急迎戰，可是新統合軍仍然節節敗退。並且有宇宙怪獸突破了防線，攻入Macross Frontier衛星內部，威脅著少女蘭花的生命，這時候，有一架受損的VF-25戰機出現在飛行候補生早乙女的面前……

以主人公安琪为主轴，描绘战斗少女们的群像剧。人类获得了高度进化的情报技术“玛那”，凭借这魔法般的力量克服了战争、饥饿、污染等地球上诸多的问题，终于迎来了和平与自由的理想乡。米斯尔奇王国的第一公主安琪莉洁，也曾经同样衣食无忧，受到民众的祝福与爱戴。但在16岁生日当天，她却突然发现了自己身为“破魔（诺玛）”的事实。“破魔（诺玛）”——那是无法使用玛那之力的非正规者，是反社会且无法成其为人的“物品”。一切都被夺走的她被隔离到偏僻的离岛。在那里等待着她的，是与只知道战斗的破魔（诺玛

少年红英司因收到失踪已久的姊姊红绫香的一封信，潜入神秘富豪葛莱因‧桑德曼居住的[圣日耳曼城]去寻找姊姊， 却不巧碰上对地球觊觎已久的外星异种前来袭击，在桑德曼有计划的引导下，红英司便煳涂的与众人一起乘坐机器人-超重神打败了外星异种ゼラバイア。　　事后，红英司以协助找到失踪姊姊的条件答应加入桑德曼为了对付外星异种而成立的[地球战骑队]；在一次次的危机中真相逐渐浮现，矇面的雷门以及桑德曼和莉露的真实身分呼之欲出，而外星异种ゼラバイア袭击地球的原因也慢慢被揭露。

故事发生在第一次地球联合战争爆发8年以后。随着越来越多的资深驾驶员在残酷的战斗中丧身，政府下令十几岁的少年也必须参军。在这样的时代背景下，年轻的联合军驾驶员工藤シン驾驶着爱机F-14出战。在一次战斗中