根据漫画《黑杰克》改编的电视动画，描绘了已故手冢治虫的医疗和人性戏剧。 前作是接近原作的单集完结风格，但这次的特点是增加了新的设定和新角色，谱写了一个连续的故事。 该剧于2006年4月开播，距离前作仅一个月左右，截至9月共播出17集。 故事围绕着一个神秘组织寻求永生的“黑色计划”展开，他的导师本间承太郎博士也参与其中。 一场充满原著中没有的惊险和悬念的冒险，将由无证天才外科医生布莱克杰克展开。 还讲述了关于黑杰克出生的原创剧集，使其成为真正的 21 世纪黑杰克。

2045年，經濟災難「全球同時違約」爆發，令所有紙質和電子貨幣失效後，「四大國聯盟」陷入永不結束的「可持續戰爭」，保持經濟運行。在這個世界中，草薙素子、巴特和其他公安九課的成員把自己賣給了僱傭兵組織，以「GHOST」的名義展開行動，利用他們的控制增強組件和戰鬥經驗謀生，同時消除全球的戰爭熱點。然而，後人類出現和前部長荒卷大輔發現的一個陰謀，令公安九課被迫再度集結。

2045年，經濟災難「全球同時違約」爆發，令所有紙質和電子貨幣失效後，「四大國聯盟」陷入永不結束的「可持續戰爭」，保持經濟運行。在這個世界中，草薙素子、巴特和其他公安九課的成員把自己賣給了僱傭兵組織，以「GHOST」的名義展開行動，利用他們的控制增強組件和戰鬥經驗謀生，同時消除全球的戰爭熱點。然而，後人類出現和前部長荒卷大輔發現的一個陰謀，令公安九課被迫再度集結。

　独裁国家统治者——西亚古共和国将军卡路玛，在国家解体之际之时准备前往日本政治避难，在此期间他发表了制造恐怖活动的声明。多年过去，卡路玛麾下以卡盖鲁大佐等为首的一群身上文有“梵”字的特工接连自杀。而在他们死之前，几乎每个人都留下了绰号为“傀儡师”的黑客即将到来的讯息。近两年不断壮大的公安九课受命调查此事，经过户草和巴特的层层追查，发现少佐也涉足其中。而随着调查的深入，近年多起诱拐案件、逐渐凸现的贵腐老人现象甚至日本一些重要部门也都与傀儡师的案件有关。揭去重重迷雾，骇然的真相慢慢浮出水面……