寄宿着昔日舰艇之魂的少女们，是谓“舰娘”。对于深海而来被称作敌对舰艇集群“深海栖舰”的异形敌人，舰娘是唯一能同他们对抗的存在。她们投身于战斗，保卫着人们和大海。然而，面对深海栖舰压倒性的数量优势，舰娘们非死即伤，战局不断倒向深海一方。此时，驱逐舰“时雨”被编入了一支新的舰队。这支舰队被称为“第一游击部队 第三部队”（1YB3H）。但此舰队几乎能用“东拼西凑”来形容：舰队成员仅有被配置于后方的旧式战舰“山城”、“扶桑”，唯一的航空巡洋舰“最上”，以及四艘驱逐舰。作为集

在未來世界，機械生物『VICE』突然襲來，人類不得不逃離地球。經由宇宙艦隊『SHARD』逃脫的途中，人類成功開發了得以對抗VICE的高次元武裝『Alice Gear』。具備適合操縱Alice Gear的資質「放射」的女性被稱為『Actress』。時光流逝，設立了對付VICE的組織『AEGiS』，符合『AEGiS』認可的民間企業Actress，如今有資格驅除VICE。