与人共生的百万神明生存的神话世界。　　相隔了60年，这里进行著治国的秘女王交接仪式。然而，在缺少女子的秘女族中，作为男生的阿纳塔著女装出现在仪式上。可是，秘女王的下臣12神鞘把他牵连进革命当中，亚纳塔就这样背负著谋杀秘女王的罪名，和被追捕的身份。然后，他逃进了森林被巨木所吞食……　　另一方面，现代的高中生·日之原 革在学校被欺负，以及被亲密朋友所背叛，陷入了绝望的深渊。「来消灭我吧……」在这样想的瞬间，众神之国突然开阔在眼前！！　　已经解开了封印的众神之国，被卷入命运漩涡的少年革的异世界幻想曲

　　由于实在不擅长处理复杂的人际关系，升入高中不久的少女安藤夏希（木户衣吹 配音）决定不参加任何社团，成为一个名符其实的“归宅部”（放学后直接回家的学生）。谁知她所在的学校竟然真的存在一个实体“归宅部

这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯罪追查的军人，此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知，棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后，她受到荒卷委托

位于日本北海道某市的区役所，福祉事务课迎来了三名新人。为了报复不负责任给其申报了超长名字的公务员而进入政府部门的天然呆女孩山神（茅野爱衣 配音）、外表冷漠却温柔贤惠善于倾听以至于成为滔滔不绝的阿婆们倾