故事发生在未来世界之中，彼时，一种凭空出现的名叫“HUGE”的生命体让人类的命运走到了濒临灭绝的边缘。就在此时，世界各国联合起来发明了能够同HUGE抗衡的武器，而只用这些武器的少女面则被称之为莉莉

為了支付實現願望的代價，魔法少女們今天也在不為人知的地方持續戰鬥著。但是環伊呂波，卻忘記了自己當初的願望。"成為魔法少女時，我到底許了什麼願望呢？"空洞的日常生活，彷彿失去了什麼重要的東西一般，在不清楚理由的狀態下，持續著每一天的奮鬥。在這個時候，魔法少女之間開始散播著某個傳言：「去神濱的話，魔法少女就能獲得拯救。」魔法少女和傳言的交集之地—神濱市。追尋著失去的願望，環伊呂波的故事即將開始…