5年前，一场不知原因的疫病在村庄中发生，为了防止蔓延到其它村，别村村民将大冢村全部烧毁殆尽。犬冢信乃（柿原彻也 配音）、犬川荘介（日野聪 配音）、浜路（高垣彩阳 配音）在这次事件中得到了教会的保护，因

故事发生在德川幕府第二十五代将军德川庆康统治下的日本，德川家设立了武应学园，并组织了学生会，用以对抗还试图顽固抵抗的丰臣一派。柳生宗朗（平川大辅配音）是武应学园的高材生，一天，当他正在道场里练习时，一位名叫柳生十兵卫（悠木碧配音）的美少女从天而降，柳生就这样莫名其妙的多了一个“妹妹”，和十兵卫开始了同居生活。外表年幼实则足智多谋的真田幸村（钉宫理惠配音）、英姿飒爽大大咧咧的后藤又兵卫（小林优配音）、优雅的千金大小姐德川千姬（寿美菜子配音）、风纪委员服部半蔵（后藤沙绪里配音），这些姑娘们接二连三的出现在了柳