与人共生的百万神明生存的神话世界。　　相隔了60年，这里进行著治国的秘女王交接仪式。然而，在缺少女子的秘女族中，作为男生的阿纳塔著女装出现在仪式上。可是，秘女王的下臣12神鞘把他牵连进革命当中，亚纳塔就这样背负著谋杀秘女王的罪名，和被追捕的身份。然后，他逃进了森林被巨木所吞食……　　另一方面，现代的高中生·日之原 革在学校被欺负，以及被亲密朋友所背叛，陷入了绝望的深渊。「来消灭我吧……」在这样想的瞬间，众神之国突然开阔在眼前！！　　已经解开了封印的众神之国，被卷入命运漩涡的少年革的异世界幻想曲

这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯罪追查的军人，此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知，棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后，她受到荒卷委托

　　故事发生在遥远的2061年，自然的破坏使得地球的环境变得十分恶劣，气温骤降大地冰封，在意大利图斯卡纳，居住着伽利略的后代三姐妹。叶月（真堂圭 配音）个性奔放耿直，大大咧咧的她心怀着成为检察官的梦想