2045年，經濟災難「全球同時違約」爆發，令所有紙質和電子貨幣失效後，「四大國聯盟」陷入永不結束的「可持續戰爭」，保持經濟運行。在這個世界中，草薙素子、巴特和其他公安九課的成員把自己賣給了僱傭兵組織，以「GHOST」的名義展開行動，利用他們的控制增強組件和戰鬥經驗謀生，同時消除全球的戰爭熱點。然而，後人類出現和前部長荒卷大輔發現的一個陰謀，令公安九課被迫再度集結。

自稱最強的高中生「陳．毛利」在收到了一個為了決定最強高中生的大會「高校之神」的邀請後，他的人生徹底改變了。只要能夠獲得冠軍，就能實現任何的願望……心中懷抱著各種不同願望的強敵們一一現身，而在這場戰鬥的盡頭等待著他們的究竟又是什麼呢？在一群不簡單的高中生之間，一場不可理喻的戰鬥正式開幕！！

「為什麼我會變身成這種模樣――?」 少年加賀谷修一擁有一種“變身成布偶”的古怪又麻煩的特殊能力。 但是，他遇見了一位名叫青木紅愛的神秘少女。 圍繞著能引發巨大災厄的「硬幣」，修一和紅愛被捲入了怪物之間的爭奪戰中，他們倆將合為一體，開闢自己的命運――！！