日比野卡夫卡被分發到由防衛隊最強男人．鳴海弦所率領的第1部隊，他被迫去面對「怪獸8號」那過於強大的力量。然而此時，「怪獸9號」的威脅也悄然逼近。傳承下來的意志與力量，新的識別兵器適合者誕生，以及防衛隊將遭遇史上最大危機――。

時間為天保十一年（1840年）。大飢荒之下，人心惶惶之際，鬼開始化作人形，以戲謔的方式來欺騙人類。位於遠離江戶城鎮的山間聚落——葛野。在這個聚落中，一對兄妹甚太和鈴音過著生活。他們自幼因某種原因來到葛野，成為了外來者，但被大家接納，並和睦地度過每一天。聚落中有一位被稱為「いつきひめ」的巫女，成長後的甚太成為了巫女的護衛。有一天，甚太在前往討伐鬼的森林中，遇到了一位講述遙遠未來的神秘鬼——作為巫女護衛的甚太與死神為伍，擔心著哥哥的安危，卻依然堅強且明朗地送他出門的鈴音，履行巫女「いつ