公立海老栖川高校天闷部的一位新的一年生——野矢一树，想要参加天文部，在学校内四处寻找天文部活动教室，却不知为何设立在了地下室里。甚至还有暗道而当她进去之时，却发现是同音的“天闷部”，聚集在这里却的是一群御宅。

「光明之心」的故事始于某一天，一位神秘少女辉夜在温达利亚岛的海岸上被男主角里克发现，其后更发现她的记忆和感情均已失去，而通过与岛上居民进行心灵交流，辉夜也一点点地取回了感情。与此同时，本身和平的温达利