西曆5012年。人類遭到了外星人派出的機械生物侵略，面臨滅絕危機。人類被逼移至月球，並建造人造人部隊以奪回地球。然而，地球上的機械生物不斷繁殖，戰爭陷入僵局。於是，人類部署了新型的人造人部隊「寄葉」作為最終武器。被派往地球的2B與9S匯合，一起執行任務。過程中，他們遇到了許多的令人費解的現象…

海平面上升淹沒了大量土地，威脅人類生存的世界。主人公斑鳩夏生在8歲時因一場隧道事故失去右腿，因為與就讀的研究院老師產生矛盾而休學，移居到了已故祖母所居住的海邊小鎮與青梅竹馬神白水菜萌重逢。夏生在某天早上醒來時遇見一自稱是討債人的凱薩琳，凱薩琳要求夏生找到他已故祖母的遺產用以還債...