这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯罪追查的军人，此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知，棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后，她受到荒卷委托

2045年，經濟災難「全球同時違約」爆發，令所有紙質和電子貨幣失效後，「四大國聯盟」陷入永不結束的「可持續戰爭」，保持經濟運行。在這個世界中，草薙素子、巴特和其他公安九課的成員把自己賣給了僱傭兵組織，以「GHOST」的名義展開行動，利用他們的控制增強組件和戰鬥經驗謀生，同時消除全球的戰爭熱點。然而，後人類出現和前部長荒卷大輔發現的一個陰謀，令公安九課被迫再度集結。

2045年，經濟災難「全球同時違約」爆發，令所有紙質和電子貨幣失效後，「四大國聯盟」陷入永不結束的「可持續戰爭」，保持經濟運行。在這個世界中，草薙素子、巴特和其他公安九課的成員把自己賣給了僱傭兵組織，以「GHOST」的名義展開行動，利用他們的控制增強組件和戰鬥經驗謀生，同時消除全球的戰爭熱點。然而，後人類出現和前部長荒卷大輔發現的一個陰謀，令公安九課被迫再度集結。

　独裁国家统治者——西亚古共和国将军卡路玛，在国家解体之际之时准备前往日本政治避难，在此期间他发表了制造恐怖活动的声明。多年过去，卡路玛麾下以卡盖鲁大佐等为首的一群身上文有“梵”字的特工接连自杀。而在他们死之前，几乎每个人都留下了绰号为“傀儡师”的黑客即将到来的讯息。近两年不断壮大的公安九课受命调查此事，经过户草和巴特的层层追查，发现少佐也涉足其中。而随着调查的深入，近年多起诱拐案件、逐渐凸现的贵腐老人现象甚至日本一些重要部门也都与傀儡师的案件有关。揭去重重迷雾，骇然的真相慢慢浮出水面……

间指向了2030年，自从爆发第四次世界大战以来，各国的政治力量发生了根本性的变化，由于战乱不断，激增的难民终于获准进入日本，以填补因经济不断发展造成的劳动力短缺。而就在此时，一个自称“个别的十一人”的恐怖组织展开了一系列极端袭击事件，难民营、外国领事馆、甚至是总理都遭到了恐怖袭击……　　难民抵抗运动的新领导人，同时也是“个别的十一人”的神秘前成员到底是谁？九课所掌握的众多线索也渐渐揭露了令人震惊的事实，在各种恐怖活动和突发事件的背后，有一人在阴影中操作着一切，他们策划的内幕是什么？九课能化解困境，并避

2024年，发生了MM制造公司"濑良野基因混合社"的社长绑架案。在收取赎金现场出现的凶犯，居然让自己脸部在所有监视纪录上留下了贴着笑面标志的影像后成功脱逃。案发后六年，"笑面男"的巧妙陷阱再度出现在网络社会中...　　封印已久的笑面男苏醒了，特A级黑客与九课的巅峰对决即将拉开帷幕！​（TV第1季的总集篇）

故事发生在笑脸男事件结束后，公安9课面对了新的敌人，自称“个人的11人”的反政府武装组织开始了计划周密的犯罪，其背后牵扯的战争难民问题更令整个社会的矛盾激化。面对政府与犯罪分子带来的压力，草薙素子再次带领公安9课出动。

公元2030年，经历了4次世界大战的世界面临更严峻的挑战。随着人类义体化等科技的不断发展，犯罪行为也日渐离奇复杂。为了解决这类案件，日本内务省的直属部队——公安9课，这个对外不存在的特种部队，在队长草薙素子的带领下向恶势力 发起制裁。而面对公安9课的，是高度发达的科技下创造的案件、权力政治斗争的阴谋、与以笑脸男为代表的Stand Alone Complex犯罪。

　　年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪

人类与怪兽之间的战斗，已是遥远的过去。现在是宿有过去的怪兽之魂的少女“怪兽娘”出现的时代。成为放晴GIRLS一员的阿基拉、米克拉斯、乌英达姆，确实地有所成长，过着充实的每一天。某天，传

人类与怪物之间的长期战斗已经结束，和平已经到来。 在这样的时代，出现了“怪物女孩”，这些女孩怀有怪物的灵魂，可以变成怪物形态。 在聚集这些女性组成的特别组织“女孩”中，将部署三名新人，阿吉拉、米克拉斯

　　每天拼命在体内搬运氧气的新人红血球。他的职场劳动环境，却是彻底的黑暗（BLACK）——！！饮酒、吸烟、压力、睡眠不足……在如同不健康的综合商社一样的世界中，历经过重劳动的细胞们有何感想？这是你的身