高中生歌苗，同時也是音羽館的房東，住在從過世祖母繼承的這座宅邸。某天突然出現可疑的二人組，自稱貝多芬與莫札特，擅自住進了音羽館。加上歌苗的兒時玩伴奏助也來湊熱鬧，音羽館熱鬧非凡。某天，債主上門，音羽館

“在人前唱歌什么的，我……”虽然想唱，但是唱不出来。　　在家中闭门不出，默默持续歌唱的原圣歌队的出井天使。　　在过着平凡校园生活的天使面前突然出现的原管弦乐队指挥响春男。原先平静的天使的日常生活，因与

高中生歌苗，同時也是音羽館的房東，住在從過世祖母繼承的這座宅邸。某天突然出現可疑的二人組，自稱貝多芬與莫札特，擅自住進了音羽館。加上歌苗的兒時玩伴奏助也來湊熱鬧，音羽館熱鬧非凡。某天，債主上門，音羽館由於爸爸欠了錢還不出來，馬上就要被拆掉了！此時，發生了不可思議的事情…

公元2067年，以銀河系邊境的星系為中心，能令患者喪失自我而狂暴化的神秘疾病「瓦爾綜合症」正在逐漸擴大。察覺事態嚴重性的星間複合企業為了鎮靜這種症狀，將少女組成的戰術音樂組合「Walküre」與執行共同作戰的「Δ部隊」編成到一起。另一方面，「風之王國」中被稱作「空中騎士團」的「謎之Valkyrie部隊」開始行動。在「原始文化的遺產」之謎的交錯當中，超越星系的熱切戀情與友情的物語開幕……

劇情原設定是前作80年後，但因為後來《MACROSS PLUS》、《MACROSS 7》及《MACROOS F》的推出，本作的故事越來越無法承擔超時空要塞系列編年史的作用，於是本作被稱作平行世界的說法開始流行。

故事发生在第一次地球联合战争爆发8年以后。随着越来越多的资深驾驶员在残酷的战斗中丧身，政府下令十几岁的少年也必须参军。在这样的时代背景下，年轻的联合军驾驶员工藤シン驾驶着爱机F-14出战。在一次战斗中

描述初代超時空要塞故事後30年，統合軍於外星殖民地開發新式可變型戰鬥機的始末。

人類與傑特拉帝人在第一次星間戰爭之後握手言和。2038年從地球派出第37次超長距離宇宙移民船團－新Macross級超大型船團7號（NMCV-007）前往太空深處尋找適合人類生活的星球，直到2045年遇見神祕的原始惡魔軍團……

西曆1999年，一顆巨大隕石墜落在南太平洋亞塔利亞島。經過調查之後發現，這顆「隕石」原來是一艘擁有超越地球人類科技的巨型宇宙戰艦。明白告訴了地球人類，在地球以外還有其他高智慧的生物存在，而且更有可能是一些比起地球人類身高高五倍，以戰爭為生之巨人。於是各國政府拋開國家之間的利害關係，成立整合世界現有國家的單一人類政府，並開始重建這艘代號為ASS-1（Alien Star Ship-1）的外星太空船。重建的10年期間，雖然決定組成地球統合宇宙軍，但地球各地亦發生了很多為利害衝突而展開的激烈戰爭。在戰爭

公元2059年，航行中的Macross Frontier迎來了偶像歌手雪露・諾姆舉辦的銀河巡迴演唱會的最後一場，少女蘭花李去看偶像的演唱會……在宇宙中，Macross Frontier突然遭到了身份不明的宇宙怪獸的攻擊，蘭花的兄長奧茲馬受命率領S.M.S的VF-25緊急迎戰，可是新統合軍仍然節節敗退。並且有宇宙怪獸突破了防線，攻入Macross Frontier衛星內部，威脅著少女蘭花的生命，這時候，有一架受損的VF-25戰機出現在飛行候補生早乙女的面前……