這是由「交響詩篇」動畫製作公司的「BONES」與「機動警察」機械設計師、「宇宙戰艦大和號2199」總導演的「出渕裕」聯手製作的作品。故事設定在一個混合了人類和人造人類的世界中。人造人少女「Ru

「抱歉了，魔法師……我沒能遵守我們的約定……」一心想成為魔法師的天然少女可露米·未來，和「人才輩出的魔法師名門」愛德爾家的千金柚子·愛德爾。兩人為了要成為魔法師，其必要條件為進入雷特蘭魔法學校< 國家魔法師培育專門學科（通稱：魔組）>就學。明明通過這樣嚴格的條件，兩人卻在魔法師的考試中落榜了!?原以為追夢失敗，兩人的班主任竟然是外表像小孩的國家魔法師美奈海·鈴樹…… 校園生活因此發生大轉變！似乎有些古怪的同班同學，加上可疑的同好會，這所學校到底隱藏了什麼秘密！？

這裡本應是個普通無奇的鄉下，但鎮上的居民卻發生了巨大的變故。即便如此，千倉靜留仍有著強烈的願望——她想再次見到失蹤的朋友！靜留和她的伙伴們決定乘坐一輛被遺棄、不再運行的火車，前往不知能否生還的外面世界。終末列車開始奔馳，但在它的終點站，究竟會遇到什麼呢？