持續發生大規模殺人和獵奇殺人的社會中，其中調查組織「藏（也譯作倉）」用著從罪犯的殺意（思想粒子）構築的無意識世界（殺意世界）的系統與鳴瓢秋人在「井」中的身份名偵探酒井戶，協助通過揭開井的奧秘來幫助追查追捕殺人魔的罪犯行蹤，其中幾個殺人魔的井中出現了同樣面貌的以約翰·沃克為命名的人影。

作品的背景为末日废土世界，以被红色的雾所覆盖的世界为舞台，讲述与被称作“虫”的异形怪物战斗的少女们的故事。标题的“烟草”（ケムリクサ）是少女们战斗时使用的形似香烟的武器

舞台是在某个国家的某个地区莫斯特城市。　　在陈旧大楼的二楼有一家发行《月刊妄想科学》的小出版社。　　《月刊妄想科学》是一本异想天开，报道“真是吓人一跳！”的事件、即使是科学家也会发出“要不行啦！”声音

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2045年，歌被禁止的世界――。音乐的创造与演奏，全都由音乐应用程式《MiucS》代替人类一手包办。少女・相叶芹亚与朋友们外出时，听见了本应被禁止的歌声。循着歌声的方向，芹亚所看见的是——一名幽灵。自此世之外显现的伟人――「伟大幽灵」。灵能力者集团――「TERA」。以及回荡响起――「凭依镇魂歌」。「这是，我直到成为幽灵为止的故事。」