上世纪中叶，漆黑阴森的湘南特别少年院二舍六房迎来了新的住客：因伤害罪和杀人未遂被捕的水上真理雄（小栗旬 配音）、强壮孔武的远山忠义（黒田崇矢 配音）、偷窃欺诈成性的前田升（朴璐美 配音）、有着异国英俊面容的横须贺丈（羽染達也 配音）、酗酒暴力的怪力男松浦万作（脇知弘 配音）以及狡诈精明的野本龙次（藤原啓治 配音）。黑暗的过去，悲伤的童年，让这群少年的未来充满绝望。幸运的是，二舍六房的前辈樱木六郎太（小山力也 配音）担当起教育少年们的责任，在芜杂的战后日本社会以及混乱黑暗的少管所内，樱木带着6名少年朝着光辉

讲述的是俄国少年沙夏在圣米海洛夫学园，与真冬、灯等人开始*生活，并和其他炼金士们战斗的故事。来自俄国的少年沙夏，其左脸上有十字架形圣痕，因幼年时遇见了恐怖的经历，使他变成了对任何人都冷淡对待的冷酷个*

　　故事发生在1999年，那个不详的世纪之末。坐落在深山之中，由于不断的发生灵异事件而被称为“超自然学院”的私立学校里，迎来了它年轻强势的新一任校长——神代玛雅（日笠阳子配音）。绝对不相信有超自然力量