“虫”既不是动物，也不是微生物，而是一种自然界中无处不在的力量，拥有独特的生命形态，偶尔和人类生命产生交汇，便生出一些奇妙的故事。但人们即使得知了“虫”的存在，大部分时候也不知如何应对，这便需要“

　　在世界的每一个角落里，存在着这样一种生物：它们下等且奇怪，完全不同于任何动植物，自古以来为人类所敬畏，不知何时开始，被称为“虫”。它们有自己的生命形态以及生存方式，而这些方式或许会影响到人类的世界

淡幽，是最早虫师家族之一的后裔，继承了禁忌之虫，以至于一只脚不能活动。隈罗，药袋家族的后裔，幼年不具有看到虫的能力，为了应对禁忌之虫，被长期置于荆棘之路的出口，导致“灵魂”被核食虫所食，失去“灵魂

喜欢帮女性剪头发的中学少年——灰村切，在某一天回家的时候，在偶然顺道经过的西式洋房中，与充满魅力的长发少女——武者小路祝相遇了。祝的头发曾是无论用什么都无法剪断的受到诅咒的头发，但切却用作为护身符携带

公元2125年，在人類當中誕生了一種名叫「卡伽斯特爾」的神秘疾病，雖然發病率僅為千分之一，但是一旦發病就會失去人格，身體變為巨大的昆蟲而後吞噬人類，並通過和同樣的蟲子進行繁殖來增加數量。「卡伽斯特爾」事件發生過後三十年，在靠近蟲籠的沙漠地區，驅逐者木藤偶然發現被昆蟲襲擊接近死亡邊緣的男人，那位男人在瀕死前留下了一個遺願：要驅逐者木藤帶著他的女兒伊莉找到她的母親譚雅，故事就此展開。

享保6年，将军吉宗下令设置了“意见箱”。藉由投递至意见箱的投书，新的奉行所诞生了。又名“虫奉行所”！为了保护人们免于遭受盘据江户的大虫所害，被选出的强者们大显神通。继承父亲的志向来到江户的菜鸟同心·仁兵卫！然而他还不知道虫奉行所令人惊讶的工作内容。

主角阿人（浪川大辅 配音）是个蓬头垢面的流浪儿，然而他体内隐藏着强大的力量。城内怪异事件频发，当阿人回到家中，发现相依为命的爷爷倒地不起。失去爷爷后的阿人和被他搭救过的阿姨生活在一起。　　时过境迁，阿人长大成人，在又一次杀人魔肆虐的事件中，他重遇了昔日好友天城高雅（宫野真守 配音）和天城小叶（花泽香菜 配音）。在战斗中阿人被抓走，一个追寻他多年的神秘老人向他揭开了多年来的秘密。杀人魔其实是他们开发出来的PLAYER，失控后他们又开发了对抗杀人魔的武器——Z•E•T，即阿人。他左手上的“暴走之轮”，可以