1989年，日本。　　乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯

名侦探金田一耕助的孙子金田一一和青梅竹马的好友七濑美雪等人解决一个个疑案的故事

故事发生在椚丘中学三年E班，表面上，这是一个普通的班级，然而实际上，这里聚集着的均是技艺高超冷酷无情的杀手。每一年，他们通过特殊渠道接收着来自世界各地的暗杀任务，替各国首脑“排忧解难”，而这一次，他们

耶爾卡斯特姆是一條由黑幫支配的街區，沃里克·阿爾坎傑羅和尼克拉斯·布朗在這裡從事「雜務工」工作，他們願意為錢包辦所有骯髒的工作。在接受某次委託後，原本以賣身為生的女子愛力克斯·貝尼迪特決定加入他們，並逐漸對他們二人的關係、來歷產生興趣。黑街、謎一般的藥劑以及擁有特異能力的「黃昏種」，種種奇妙要素交織而成的黑幫奇幻劇場，由此拉開序幕。