故事舞台在一個地球被謎之生命體「Savage」侵略中的世界，「百武裝（Hundred）」成為唯一可以與之對抗的兵器，為了成為可以操縱百武裝的「武藝者」，有著歷代最高百武裝適性的主人公如月隼人選擇了在海上學園都市艦「Little Garden」入學。