轉眼間，暑假即將結束，被判定為「無能力者」的上条當麻和自稱為「禁書目錄」的修女茵蒂克絲之間的故事還在繼續。隨著羅馬正教的登場，魔法世界的紛爭延燒到了學園都市，而潛伏在學園都市背後的黑暗也蠢蠢欲動。當科學與魔法交織之時，他們的故事即將展開！

在少年支仓孝平（小野大辅 配音）的记忆中，自己好像一直都在转学中，这样的遭遇使得孝平很难拥有一段长久且稳定的友谊。这一次，孝平转入了修智馆学院，这所全日制的寄宿学校为孝平晦暗的心情带来了新的希望，孝平决定，一定要在这所学校里交到要好的朋友。　　很快的，热情善良的孝平身边就聚集了一群朋友们。阳光健气的千堂瑛里华（神田理江 配音），娇小害羞的东仪白（峰岸由里香 配音），沉默冷静的红瀬桐叶（鸣海绘里香 配音），这些可爱女孩子们的存在丰富了孝平的课余生活，但在交往的同时，孝平也在不经意间发现了她们的秘密，这也

　　表面看来，砂户太郎（福山润 配音）不过是一介普通少年，但在那人畜无害的面孔之下，隐藏着极为扭曲的个性，没错，砂户太郎是那种一旦被女性粗暴对待就会兴奋的浑身发抖的超级受虐狂！砂户太郎一直深深爱恋着被

都築巧和沒有血緣的姊姊都築乙女一同生活，經營著倒閉邊緣的西點店「斯特雷凱滋」，由都築乙女當店長，都築巧負責營運；此外，都築巧的青梅竹馬芹澤文乃也在店裡打工。所有的故事就從喜歡幫助別人的都築乙女撿回一個擅長模仿貓的美少女霧谷希開始……