在學校總是獨來獨往的羽瀨川小鷹，在一次偶然的情況下，目擊到總是擺出一副臭臉的美少女三日月夜空一個人很開心地和空氣朋友小友自言自語。小鷹和夜空聊了一下該怎麼交朋友，沒想到夜空竟然憑著莫名其妙的行動力成立一個以交朋友為目的的問題社團「鄰人社」；而且也不知道是哪裡搞錯，問題美少女們還接二連三地申請入社！大家卯起來打美少女遊戲，一起去游泳、一起演戲...

培育只有女性能使用的兵器「Infinite Stratos（IS）」操縱者的學校「IS 學園」裡，聚集了世界各地而來的少女，以 IS 候補生身分，每天努力不懈…但明明是男生，卻能夠操縱 IS 的「織斑一夏」被強制進入「IS 學園」就讀。當然，他的周圍全都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能使用 IS 的男性」感到興趣。一夏波瀾萬丈的學校生活就此展開！？