舞台是2037年的涩谷。描绘被互联网可视化技术“LayereD”所左右的少年少女。虚拟化的世界和现实中的世界，你选哪个呢？

萊莎是一位住在這個處處受限又無趣的村落、「再普通不過的農家女孩」，只是她對自己的現況並不滿意。某天，她和青梅竹馬蘭托和塔奧一起悄悄坐上小船，前往島的對面，展開了她人生的第一場冒險。在那裡她遇到了一位男人，使用著名為「鍊金術」的神奇力量。受到那股力量吸引，萊莎懇求對方教她鍊金術。就這樣，「再普通不過的農家女孩」變成了「鍊金術士」。跟至今以來的打鬧嬉戲不同，他們就此展開了只屬於自己的「僅限今夏的冒險」——。