櫻花開始飛舞的春之日。天真爛漫的小國公主 · 莉昂開始到北海道的學校上學。那裡是由 ALCA 所運營的，用於培育守護世界和平的定理者 Logicalist 的特別教育機關。莉昂所進入的2年S班，有着以定理者妮娜為首的個性十足的同班同學們。定理者雛鳥們所度過的，非常熱鬧而又可愛的每一天。

游戏业界是一个与现实相异的世界，存在着四个由女神统治的国家：Planeptune、Lastation、Leanbox和Lowee，四个国家为了争夺女神力量之源“Share”而展开长期战争。但是，因惧怕