在與闇之科學王國的戰鬥之後，千空一行人以讓史丹利等人佔領珀耳修斯號為代價，成功捕獲了傑諾。為了躲避猛烈追擊，千空一行人以石化光線發源地南美為目標啟程！千空與傑諾決定短暫聯手，結合彼此的知識，共同逼近那令人憎惡的「光」的真相！為了拯救人類的未來，千空將與夥伴們攜手，全力開拓屬於他們的「科學之道」！！