在毫无征兆的一个晴朗日子，一枚导弹笔直飞来，将国际大都会东京都内极具代表性的彩虹桥炸为两截。该事件在都内引起不小的骚动，此后不久，警视厅公安部外事三课的警部高畑慧（高岛礼子 饰）带着相关视频资料找到藤田继次（筧利夫 饰）所统率的特车二课，经分析发现这次袭击来自于那架自卫队不久前失窃的新型战斗直升机AH-88J2改“灰色幽灵（Grey Ghost）”。经高畑之口得知，该恐怖事件与拓植行人、灰原零（森カンナ 饰）有直接的关系。而在纷乱的实践中，特车二课则面临着被撤消的危险。　　东京一千万人口沦为暴动分子

名门高中椚椚丘中学的垫底班级3年E班，在新一学年迎来了一个奇怪的老师（二宫和也 配音）。这个老师长着圆圆的黄色大脑袋以及黏滑恶心的触角，原来他就是不久前将月亮炸成月牙的罪魁祸首。日本防务省特种部队的精英乌间惟臣（椎名桔平 饰）向学生们介绍了怪物的情况，他拥有20马赫的超快速度，人类寻常的武器对他完全不起作用。为了阻止怪物一年后摧毁地球的阴谋，人类必须想方设法除掉他。而怪物自告奋勇愿意出任3年E班的班主任，于是乎手无缚鸡之力的学生们担当起刺杀怪物的重任。此后，学生们接受了乌间的严格培训，而杀手比琪（知英 饰