自黑船事件十余年后，闭关锁国的德川幕府正迎来剧烈的变革时刻。倒幕志士群雄并起，幕府派则加大倾轧力度，一时间山河动荡。少年剑客绯村剑心（佐藤健 饰）为了开辟万民自由的新时代，投身至长州藩倒幕军团首领桂小五郎（高桥一生 饰）麾下，并逐渐成长为诛杀清除那些阻挠倒幕之人的急先锋。一时间刽子手拔刀斋的威名传遍京都，而他偶然杀掉的下级武士，却在他的脸颊上留下了第一道无法消退的伤疤。不久之后，剑心邂逅忧郁沉默的女孩雪代巴（有村架纯 饰）。巴留在倒幕志士聚集的场所帮佣，在这一过程中她似乎也让始终绷紧心弦的剑心放松下来。但

明治时代初期，挫败了志志雄一伙的阴谋之后，曾经的刽子手拔刀斋绯村剑心（佐藤健 饰）终于和阿薰（武井咲 饰）、左之助（青木崇高 饰）等朋友们迎来了短暂的和平时光。然而曾经那个混乱时代所种下的因，终究要在和平的土壤里开出血色之花。隆隆的炮声击碎了表面的宁静，一伙亡命狂徒向东京发起攻击。领头人名叫雪代缘（新田真剑佑 饰），他正是当年在剑心的面颊和心灵深处留下永久伤疤的雪代巴（有村架纯 饰）的弟弟。姐姐之死让雪代缘从此走向修罗的复仇之路。而剑心也不得不迎头而上，与内心的原罪做出一个了断……