利翁兹·奥马克与天人的战斗以真正的改革者刹那·F·清英等人的胜利拉上了帷幕。独立治安维和部队A-Laws解体，世界终于走向了和平。这样过了两年，西历2314年，表面上消失了的天人为了防止战争发生仍然在暗处活动着，这时，新的战争打响了信号。再次集结起来的高达驾驶员们乘坐着新式高达，开始了战斗！

地下采掘不出化石燃料的克鲁森大陆。居住在这里的人们，从出生起就拥有着石英授予的能力——“魔力”！而故事的主人公莱卡特却是生活在这个世界里稀有的“没有魔力”的异类。某一日，莱卡特受到士官学 校的亲友现国王赫兹尔的召唤来到王都。奔赴王都的莱卡特从国王赫兹尔以及王妃西琼的口中得知，军事大国阿缇那斯联邦的领土侵犯以及领导前线部队的队长正是三人士官学校的好友——阿缇那斯军总司令官的弟弟赛斯，冲击性的事实让莱卡特动摇了。而随后，他被赫兹尔带到石英采掘场，这里有一台古人制造的机器人格雷姆，它利用石英作为动力驱动，但是至

故事发生在日本的江户时代，一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎（石田彰 配音）的面前，他手握妖刀“红樱”，要求试刀，这个夜晚之后，桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松信司 配音）找到万事屋的神乐（钉宫理

某日，野原新之助（矢岛晶子 配音）正在公园里和风间（真柴摩利 配音）、妮妮（林玉绪 配音）等朋友们玩耍，意外遇见了一位名为金有久美子（钉宫理惠 配音）的神秘女子，久美子告诉小新，自己来自于遥远的未来世界，而彼时已经长大成人的新之助，正是自己的未婚夫。　　跟随着久美子，小新一行人来到了未来，在那里，金友电机的社长，亦是久美子的父亲金有增藏手握大权，并且绑架了一直和自己作对的新之助。得知小新的到来会阻碍自己的计划，增藏派出了刺客，在强大的敌人面前，小新能否顺利救出新之助，并且帮助面前这个陷入了黑暗之中的世

虽然患有心脏方面的疾病，但是少年翔（神木隆之介配音）的父母依然对他疏于呵护。为了准备即将到来的手术，翔来到了位于偏远乡间的姨婆（竹下景子配音）家静养。姨婆家位于一片幽静的丛林中，这是一幢有着上百年历史