赛菲罗斯的事件已经过去2年了，人类从巨大陨石的灾难之下逃脱。曾经繁荣的都市虽然满目疮痍，但人们已经开始投入重建家园的工作之中。而拯救世界的英雄克劳德，却过着与世隔绝的生活。　　但是，神秘的疾病“星痕症候群”在世界蔓延。蒂法•洛克哈特决定找寻克劳德。但当她找到克劳德之时，眼前这个人，只是一个为艾利斯之死郁郁寡欢的落魄男子。　　以继承赛菲罗斯的遗志而组成的白发三人组出现在人们眼前，文森特不得不再次挥动双枪，保护大家。而世界的英雄，克劳德，能否再次振作，守护这个世界呢？

幽静安宁的森林里，奇诺（前田爱 配音）和师父相守度日。她按照师父的指示打扫料理她们的林间小屋，期间学习使用各种枪械，提高射击的技术，或者联系操纵机车。时常有人来拜访师父，奇诺虽感好奇，却似乎更安于此时的生活状态。直到某天，她去河边打水的时候邂逅了一名男性旅者，对方的一番言语勾起了奇诺对外面世界的向往。她向师父表明了外出游历的意愿，师父并未加以阻拦，反而鼓励她勇敢地走出森林探险。只要切记，世事无常。奇诺不平凡和漫长的旅程开始了，她永远不知道等在前方的会是什么，但谁会因此停下探索的脚步？

在古老的传说中，长有洁白羽翼的公主被禁锢在房间之中，希冀这外面的世界。某日，一位神秘的少年出现在了公主的面前，成为了公主唯一的朋友。透过少年之口，公主得以知道大千世界里发生的种种。然而，当公主和少年相爱之时，曾经的诅咒应验了。　　神尾观铃（川上伦子 配音）自小体弱多病，孱弱的身体令她无法去学校上课，只能整日待在家中。然而，观铃却并没有因此而变得郁郁寡欢，因为她相信，自己总有一天会遇见传说中的那个少年。国崎往人（小野大辅 配音）是一位旅行中的人偶师，他一直在寻找母亲所告诉他的“在空中的少女”。当往人遇见