令半數人類死亡的「第二次衝擊」發生15年後，14歲的少年碇真嗣被父親碇源堂召來第三新東京市，要求他駕駛初號機與使徒對抗。雖然他採取反抗態度，但在看到要替補他的女性駕駛員綾波零的傷勢後，終於決意出擊……